انتخابات رياست جمهوري در تاريخ 5/11/58 در سراسر كشور برگزار گرديد. در اين انتخابات 124 نفر داوطلب شدند كه صلاحيت هيچ يك رد نشد و تمامي اين افراد وارد ميدان رقابت شدند.

جمعيت واجد شرايط جهت شركت در اين انتخابات 20857391 نفر بود كه از اين تعداد مجموع آراء شركت كنندگان 14152902 نفر يعني 67.86% از مردم مشاركت نمودند.

براساس ماده 5 لايحه قانوني انتخابات اولين رئيس جمهوري ايران مصوب 28/9/58 شوراي انقلاب «وزارت كشور فهرست داوطلبان رياست جمهوري كه حائز شرايط تشخيص داده شد را جهت تأييد صلاحيت به حضور رهبر انقلاب تقديم مي نمايد.» با اين وصف تأييد صلاحيت نامزدهاي انتخابات اوليه رياست جمهوري به عهده حضرت امام خميني (ره) بود و ايشان تمام 124 نفر را تأييد و در نهايت 107 نفر در روز رأي گيري به رقابت پرداختند.      

چهره هاي شاخصي كه در اين رقابت شركت نمودند عبارتند از: ابوالحسن بني صدر (وزير دارايي وقت) با 10753752 رأي (75.7%) و دكتر حسن حبيبي (وزير علوم و آموزش عالي وقت) با 852/676 رأي (4.78%)، دكتر كاظم سامي سرپرست جمعيت شيرخورشيد سرخ ايران با 161/90 رأي (0.64%) از چهره هاي شاخص ديگر صادق خلخالي، مسعود رجوي، سيد احمد محسن(استاندار خوزستان) نيز بودند.        

در نهايت در اين انتخابات ابوالحسن بني صدر كه پس از اقامت 15 ساله در فرانسه به ايران بازگشته و با تظاهر به وفاداري به انقلاب، نظام، مردم و رهبري توانسته بود محبوبيتي كسب كند، 76 درصد آراي مردم را اخذ كرد و به عنوان رئيس جمهور برگزيده شد. حضرت امام(ره) با هوشمندي و شناختي كه از وي داشتند، در مراسم تنفيذ حكم رياست‌جمهوري وي، با اشاره به مباني حكومت در اسلام «حب دنيا را راس همه خطاها» توصيف فرموده و وي را از استبداد راي و خودپسندي برحذر داشتند. اما بني‌صدر به زودي هويت اصلي خود را نشان داد و با تكيه بر قدرتي كه از مردم براي خدمت به آنان به دست آورده بود، خود را محور نظام ناميد و كوشيد با سركوب نيروهاي انقلابي و متعهد به ولايت فقيه، امور كشور را قبضه كند.

وي در همين راستا، و در شرايطي كه جنگ هم بر كشور تحميل شده بود، با سازمان مجاهدين خلق (منافقين) همسو شد و بادامنزدنبهتشنجو درگيري‏ها در كشور، جاه‌طلبي‌هاي خود را ادامه داد. عدم ممانعت بني صدر از تجاوز رژيم بعث عراق، كارشكني دربرابر نيازهاي دفاعي سپاه پاسداران انقلاب اسلامي، حمايت از آشوبگران منافق، ناسازگاري با كابينه كه با نخست‌وزيري شهيد رجائي اداره مي‌شد و... باعث شد، حضرت امام دربيستم خرداد 1360، وي را از فرماندهي كل قوا كه از جانب ولي فقيه به رييس جمهور تفويض شده بود، عزل كنند. سپس مجلس شوراي اسلامي با راي قاطع نمايندگان، عدم كفايت سياسي بني صدر را اعلام كرد و حضرت امام(ره) در اول تيرماه 1360 وي را رسما از رياست‌جمهوري «خلع» نمودند.

 از اين زمان اتحاد بيشتر بني‏صدر و گروه منافقين باعث به شهادت رساندن تعداد زيادي از مسؤولان عالي‏رتبه نظام گرديد، تا اين كه به همراه سركرده منافقين در 7 مرداد 1360 با چهره‏اي مبدل و زنانه از كشور گريخت و مقيم فرانسه شد. پس از فرار مفتضحانه بني صدر، مردم مسلمان ايران با حضور در پاي صندوق‏هاي رأي، برادر مكتبي «محمد علي رجايي» را با آراء قاطع خود به عنوان رئيس جمهور برگزيدند.